این بنا درسمت شرقی شهر درپشت ساختمان فرمانداری مرند واقع گردیده و در ورودی آن، درکوشه شمالی دیوار شرقی است. ساختمان مسجد به صورت مستطیلی فاقد صحن و سر در است و از بنای اولیه آن، جز محراب تاریخی، چیز زیادی برجای نمانده است.
طبق کتیبه محراب مسجد، این بنا در سال ۷۳۱ هجری در زمان سلطنت ابو سعید بهادرخان، ازمحل خیرات مردم مرند جزیه ای که در آن زمان از غیر مسلمان می‌گرفتند، به تولیت حسین بن محمود بن تاج خواجه ساخته شده است. امروزه کف مسجد به اندازه سه پله(۸۰ سانتی متر) ازسطح کوچه مجاور پایین تراست و دالانی به طول ۱۲ متر با سه طاق گنبدی، ورودی را به شبستان ها مربوط می سازد. در سمت چپ این دالان، شبستان جنوبی با گنبدی کم خیز واقع شده که برفراز آن، کتیبهای ازسنگ باعبارت ذیل نصب شده است: "امر بتجدید هذه العمارة الهبد الفقیر خواجه حسین بن سیف الدین محمود بن تاج خواجه فی اواخر شوال سنه اربعین وسبعمائه ".
چنین به نظر می رسد که درسال ۷۴۰، این مسجد درحالی که بیش از ۹ سال ازعمر آن نمی گذشته، توسط تاج خواجه مرمت اساسی شده است. فضای اصلی مجموعه با شش گنبد و پایههای قطور مسقف شده است. دونالد ویلبر، درخصوص بنای این مسجد می نویسد: "اول، اتاق گنبد مربع شکل با سردر در سه سمت در دوره سلجوقیان ساخته شده است. در دوره مغول، این اتاق تعمیر و تزیین گردید و بعدا یک سری دهنههای طاقدار در سمت شمال و مشرق و مغرب اتاق گنبد ساخته شده، در ازمنه اخیر، دیوارهای ساختمان به سمت مشرق بسط داده شد و یک نمازخانه مستطیلی به بنا اضافه گردید. درگوشه شمال غربی ساختمان، پایه هشت گوش مناره قرار دارد که ممکن است همزمان با اتاق گنبد باشد. درطی قرون متمادی، گنبد روی اتاق فروریخته است. " محراب مسجد به عرض ۷۵/۲ و ارتفاع ۶ متر، در قسمت جنوبی شبستان واقع شده و مزین به آیات قرآنی به خط کوفی و گچبری های زیبا و بدیع است. گنبد بالای این قسمت به کلی فرو ریخته و بعداً با تیر پوشیده شده است. در پا طاق این گنبد، آثار حاشیه ای گچبری شامل آیات قرآنی دیده می شود که قسمت عمده آن ریخته و درتعمیرات بعدی، با وضع نامناسبی ترمیم شده است. کتیبه تاریخی محراب، درقسمت قوس بزرگ بالای آن به شرح ذیل خوانده می شود:"جدد من فواضل الانعام السلطان الاعظم مالک رقاب ألامم ابو سعید بهادرخان خلدالله ملکه فی احدی وثلثین و سبعماة هجری ۷۳۱". و در فاصله دو ستون تزیینی و گچبری کنار محراب، نام سازنده محراب به خط رقاع نوشته شده است:" عمل عبدالفقیر نظام بند گیر تبریزی". در داخل هلال و دریایین دو کتیبه فوق، کتیبه گچبری دیگری به خط رقاع بدین مضمون به چشم می خورد: "وقف من مال خیرته مدینه مرند علی مصالح هذالمسجد الجامع و شرط التولیه العبد الضعیف حسین ابن محمود ابن تاج خواجه". در دو کنار و قسمت بالای محراب نیز آیات قرآنی نوشته شده که قسمت عمده آن ازاول و آخر ریخته است. این بنا به شماره ۱۳۹ به ثبت تاریخی رسیده است.